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近年の機械は、精度が高く、マイクロケラトームを使った手術でも安全性が極めて高くはなっていますが、問題点もあります。
マイクロケラトームを使ったレーシックの場合、機械の精度が非常に重要になってきますが、それと同様に、執刀医の技量にも大きく左右されるという問題点があります。
また、フラップのエッジも大きな問題点の１つになっています。
マイクロケラトームの刃は角膜面に斜めに入っていき、角膜を切り取ります。その為、フラップの切断面は斜めに作られます。
エキシマレーザーの照射後、このフラップを戻すことになりますが、レーザーの照射により角膜が削られる為、フラップの大きさとフラップが吸着する面積に若干の誤差が生じることになります。
フラップの切断面が斜めである為に、フラップが吸着した際に誤差分フラップのエッジがはみ出てしまい、眼球にわずかな段差が生まれることになります。
フラップの吸着が強ければ何の問題もなく治癒することになり、治癒するに従って段差も無くなるようですが、吸着が弱い場合には、まばたきを繰り返すことで、段差がきっかけとなり、治癒する前にフラップがずれてシワなどになる可能性が生まれてしまいます。
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この方法は、「マイクロケラトーム」というカンナ状の電動メスを使用する方法で従来から普及している為、最も実績が多い方法です。